Bir bağımsız denetim sürecinde şirketin iç kontrollerine ilişkin yapılan çalışmalar ile ilgili mali tablo okuyucularının çok farklı görüşleri olabilmektedir. Bağımsız denetim süreci sonunda şirketin mali tablolarına ilişkin olumlu görüş verilmesi durumunda, aynı zamanda şirketin iç kontrol sistemininde etkin çalıştığına ilişkin bir kanaatin oluştuğunu varsayanlar olduğu gibi, bağımsız denetimin bir parçası olarak iç kontrol sisteminin detaylı bir şekilde incelendiği ve önemli iç kontrol zayıflıklarının tümünün veya en önemli sorunların tespit edildiğini düşünenlerde vardır. Ancak her iki bakış açısıda doğru değildir.Bağımsız denetim faaliyetinin iç kontrol sistem ile olan ilişkisini anlamak adına şöyle bir örnek verilebilir: İç kontrol sistemi etkin çalışmayan bir şirkette bağımsız denetçi mali tabloların doğruluğuna ilişkin olumlu bir görüş verebilir. Bunun nedeni bağımsız denetçinin odağının mali tabloların denetimi üzerinde olmasıdır. Eğer denetim çalışmasında mali tablolara ilişkin herhangi bir düzeltme yapılması gerekirse bu düzeltmeler yapılabilir ve bağımsız denetçi mali tablolar üzerinde olumlu görüş verebilir. Bağımsız denetçinin sadece mali tablolar üzerinde görüş verdiği, iç kontrol sistemi üzerinde ise herhangi bir görüş beyan etmediği unutulmamalıdır. Yetersiz bir iç kontrol sistemi bağımsız denetim çalışmasını etkileyeceği açıktır. Zira bağımsız denetçi denetim faaliyetlerini planlarken ve yürütürken şirketin iç kontrol sistemini değerlendirir. Bu değerlendirme sonucunda çalışmalarını yapar. İç kontrol sisteminin yetersiz olduğu şirketlerde doğal olarak bağımsız denetçinin elde etmesi gereken güvence seviyesine ulaşabilmesi ve görüşünü oluşturabilmesi için daha fazla denetim çalışması yapması gerekir ki bu da denetim maliyetlerini arttırır.
Bağımsız denetçi denetim faaliyetini planlarken şirketin iç kontrol sistemine ilişkin yeterli seviyede bilgiye sahip olmalıdır. Bu bilginin seviyesi denetimden denetime değişiklik gösterebilir. Bazı durumlarda iç kontrol sisteminin detaylı bir şekilde anlaşılması gerekirken bazı durumlarda iç kontrol sistemi üzerinde fazla durulmayabilir. Ancak bir denetçi açısından iç kontrol sistemi detaylı anlaşılmak istense dahi bunun anlamı iç kontrol sistemine ilişkin tüm önemli yetersizliklerin tespit edileceği anlamına gelmez.
Bağımsız denetim faaliyetlerinin önemli çıktılarından biri denetim sürecinde denetçinin dikkatini çeken iç kontrol sistemine ilişkin yetersizliklerin şirket yönetimine sunulmasıdır. Bu rapor şirket yönetimine iç kontrol sistemine ilişkin sorumluluklarını yerine getirme noktasına yardımcı olmaktadır. İç kontrol sistemine ilişkin yetersizlikleri içerin raporun şirketin hangi yönetim kademesine sunulacağı önemli olabilir. Rapor şirket yönetimine, yönetim kuruluna veya denetim komitesine sunulabilir.
